Sobre el año 1488 contrajo matrimonio con Guiomar de Portugal, hermana de Fadrique de Portugal, asesor de Carlos I de España y futuro virrey de Cataluña. El matrimonio tuvo tres hijos:
Juan de Aragón (1488-1490).
Alfonso de Aragón y Portugal (1489-1562, conde de Ampurias y duque de Segorbe.
Isabel de Aragón (1491-?), casada en 1513 con Íñigo López de Mendoza y Pimentel, duque del Infantado.