A la muerte de Pedro Luis de Borja le sucedió su hermano Juan que se casó en septiembre de 1493 con la viuda de Pedro Luis, María Enríquez de Luna,[1] prima del rey Fernando II de Aragón, el Católico. De este matrimonio nació Juan de Borja Enríquez de Luna que quedó huérfano muy joven por el asesinato de su padre Juan en Roma año 1497 y heredó el título.
Juan de Borja y Enríquez de Luna se casó con Juana de Aragón y de Gurrea, hija Alonso de Aragón, arzobispo zaragozano e hijo ilegítimo de Fernando II.[2] [1] Fueron padres de Francisco de Borja, nacido en 1510.[2]