En segundas nupcias casó con Juana Enríquez, de cuyo enlace nacieron:
Diego López Pacheco (1506-1556), tercer duque de Escalona.
Isabel Pacheco.
Magdalena Pacheco.
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Hijos del Matrimonio II:
•Diego López Pacheco, 3. duque de Escalona * 1503 Luisa de Cabrera, 3ª marquesa de Moya
•Fernando López Pacheco
•Madalena Pacheco Pedro Portocarrero, 2. marqués de Villanueva del Fresno
•Francisco Pacheco
•Pedro Pacheco
•Francisca Pacheco
•Juana Enríquez
•María Pacheco
•Ana Pacheco