Francisco Ortiz de Vergara fue un conquistador y colonizador español. Sucedió a Gonzalo de Mendoza en el gobierno del Río de la Plata con sede en Asunción. Hijo de Francisco de Vergara y Beatriz de Roelas. Fue nombrado por los conquistadores y confirmado por el obispo Pedro de Latorre en 1558. Fue depuesto por la Real Audiencia de Charcas en 1564 y regresó a España en 1565. Hermano de Ruy Díaz de Melgarejo
En 1559 enfrento la rebelión de dos manzebos, Pablo y Don Narazio, hijos de un Principal local llamado a Curupiratí de la tribu xaraje junto a Nufrio de Chaves, el 3 de mayo de 1560 en los campos de Acahai o del Acaraiba Ortiz les vence, el ejército rebelde dividido en cuatro cuerpos o columnas sumaba 16.000 guerreros guaraníes, la victoria se logro gracias a la llegada oportuna de indios amigos, se mataron más de 1.000 rebeldes.
Durante su gobierno hubo numerosos intentos fallidos de crear nuevos asentamientos (Sancti Spiritus, San Francisco y Santa Cruz de la Sierra). Este último, en el sur de la Cuenca del Amazonas, fue un éxito, pero sólo después de que la ciudad se había movido más de 200 kilómetros desde el lugar elegido por Ñuflo de Chaves. El contrato de arrendamiento anterior fue cerca de San José de Chiquitos, y es hoy un sitio arqueológico conocido como Santa Cruz la Vieja. Lo sucedió el adelantado Juan Ortiz de Zárate.
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