En segundas nupcias casó con Aldonza de Ayala, hija de Fernán Pérez de Ayala y Elvira Álvarez de Ceballos, hermana Pero López de Ayala y camarera mayor de la reina Juana Manuel. Con ella tuvo cuatro hijas y cuatro hijos; entre ellos, a Diego Hurtado de Mendoza y a Juana de Mendoza, bisabuela del rey Fernando el Católico.