Era hijo de Pedro de Santillán, capitán, alguacil mayor de la Inquisición de Lima (1575), y de Felipa Petrona de Bohorques y Pineda, su segunda esposa, y nieto de Gómez de Santillán, nacido en Sevilla, oidor de la audiencia de México (1543) y, de regreso en España, miembro del Consejo de Indias y presidente de la Casa de Contratación (1581-1584), y de María de Barros.
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