Sin embargo, desde su llegada, Isabel y Fernando se dieron cuenta que la actitud de su hija no había cambiado; la reina de Portugal seguía tan sombría y ansiosa como siempre. Para el momento de su regreso a España se encontraba embarazada de cinco meses. El 23 de agosto da a luz un niño que se llamó Miguel de la Paz; una hora después del nacimiento de su hijo, Isabel murió.